在很久很久很久以前的年代，是大家印象中野蛮的时代。其实也并不尽是如此，在那个世界上有很多肉眼看不到的精灵们，栖息在道具、武器和防具之中，好让人们更容易使用各项器具，并给予人们莫大的勇气，治疗人们的疾病，赋予人们力量。另外还有很多前所未见的变型动物以及大家十分感兴趣的恐龙等，都会一一出现。你不光在战斗中可以碰见它们、在平时还可以把它们作为宠物来眷养着、如果你能够收集所有的恐龙、还可以通过照相功能做成一个恐龙图鉴大全！
《石器精灵王传说》的故事都发生在一个叫做“尼斯大陆”的大地上。尼斯大陆原本是一个完整的陆块，但是在火山爆发之后，强大的自然力量将大陆分成了“吉鲁岛”，“萨伊纳斯（北岛）”和“加鲁卡（南岛）”三个岛屿，而游戏的世界主要是由风格迥异的“萨伊纳斯”和“加鲁迦”两大岛组成的。
“萨伊纳斯”岛位于尼斯大陆的东侧出海口附近，气候温和宜人，适合居住。岛上的“玛丽娜斯村”和“萨姆吉尔村”是玩家可选择的两个出生地，“萨姆吉尔村”以英雄萨姆基鲁为名，村中有座巨大的英雄雕像，游戏内统称萨姆吉尔；“玛丽娜斯村”则是以海产著名的村落，村民相当温和可亲，而所谓的“玛丽娜斯”指的就是“海的精灵”，游戏内统称渔村。
“加鲁卡”是一座被大量森林覆盖的热带岛屿，是充满了原始野性风味的冒险天堂。它有大自然的渥眷恩赐，拥有遍地绿野，如果说其他地方都是“石”的文化，那么此地就是属于“木”的文明了。这里还有许多可供探险的特殊地点和种类繁多的生物，其中还有一个可爱的“小矮人”村落等着玩家发现呢！在这里玩家可以选择两个出生地，其中之一的“加加村”是一座建筑在树上的村落，而另外一个“卡鲁它那”则是由数十个小岛组成的渔村。